По умолчанию XCode хранит сгенерированные проектом файлы в стандартных папках внутри ~/Library/Developer/Xcode. Для указания различных расположений для этих файлов выберите Xcode> Preferences и нажмите Locations. От области по умолчанию, открывающейся в предпочтениях Расположений, можно указать пользовательские пути для производных данных, снимков и архивов. Можно также выбрать который версия инструментов командной строки XCode использовать.

Для указания пользовательских путей для исходных файлов, которые являются вне папки проекта нажмите Source Trees наверху предпочтительной области Расположений.