Можно расположить файлы в группы, которые целесообразны Вам вместо следующего расположение каталога проекта. После создания группы перетащите выбранные файлы в нее. Можно также перетащить группу к новому расположению в навигаторе проекта.

Изменения, которые Вы вносите в группы в навигаторе проекта, не влияют на папки в Вашей файловой системе на диске.