В MySQL нет ограничений на количество баз данных. Ограничения на количество каталогов могут быть наложены файловой системой.

В MySQL нет ограничений на количество таблиц. Ограничения на количество файлов, представляющих таблицы, могут быть наложены файловой системой. Отдельные движки хранения данных могут накладывать специфичные для движка ограничения. InnoDB позволяет использовать до 4 миллиардов таблиц.