Любые параметры, которые могут быть заданы с демоном сервера mysqld, могут быть использованы с библиотекой встроенного сервера. Параметры сервера могут быть заданы в массиве в качестве аргумента к , который инициализирует сервер. Они также могут быть заданы в файле параметров, как в my.cnf. Для указания файла параметров для программы на C используйте параметр --defaults-file в качестве одного из элементов второго аргумента функции . См. , для получения дополнительной информации о функции .

Использование файлов параметров может упростить переключение между приложением клиент/сервер и приложением, где MySQL встроен. Общие параметры следует помещать в группу [server]. Они считываются обеими версиями MySQL. Параметры, специфичные для клиента/сервера, должны находиться в разделе [mysqld]. Параметры, специфичные для встроенной библиотеки сервера MySQL, должны находиться в разделе [embedded]. Параметры, специфичные для приложений, должны находиться в разделе, помеченном как [ApplicationName_SERVER]. См. Раздел 4.2.2.2, «Использование файлов параметров».