infer-icd10-cm

Описание

InferICD10CM определяет медицинские состояния как сущности, перечисленные в медицинской карте пациента, и связывает эти сущности с нормализованными идентификаторами понятий в базе знаний ICD-10-CM из Центров по контролю и профилактике заболеваний. Amazon Comprehend Medical определяет медицинские сущности только в текстах на английском языке.

См. также: Документацию API AWS

Синтаксис

  infer-icd10-cm
--text <value>
[--cli-input-json | --cli-input-yaml]
[--generate-cli-skeleton <value>]
[--debug]
[--endpoint-url <value>]
[--no-verify-ssl]
[--no-paginate]
[--output <value>]
[--query <value>]
[--profile <value>]
[--region <value>]
[--version <value>]
[--color <value>]
[--no-sign-request]
[--ca-bundle <value>]
[--cli-read-timeout <value>]
[--cli-connect-timeout <value>]
[--cli-binary-format <value>]
[--no-cli-pager]
[--cli-auto-prompt]
[--no-cli-auto-prompt]

Параметры

--text (строка)

Входной текст для анализа.

--cli-input-json | --cli-input-yaml (строка) Читает аргументы из предоставленной JSON-строки. JSON-строка соответствует формату, предоставленному в --generate-cli-skeleton. Если другие аргументы предоставлены в командной строке, эти значения перепишут значения, предоставленные в JSON. Невозможно передавать произвольные двоичные значения, используя значение, предоставленное в JSON, так как строка будет взята буквально. Это не может быть указано вместе с --cli-input-yaml.

--generate-cli-skeleton (строка) Выводит JSON-скелет в стандартный вывод без отправки запроса API. Если предоставлено без значения или со значением input, выводит пример JSON-ввода, который можно использовать в качестве аргумента для --cli-input-json. Аналогично, если предоставлено yaml-input, он выведет пример входных данных YAML, которые можно использовать с --cli-input-yaml. Если предоставлено значение output, оно валидирует входные данные команд и возвращает JSON-пример выходных данных для этой команды. Сгенерированный JSON-скелет не является стабильным между версиями AWS CLI, и нет гарантий обратной совместимости в сгенерированном JSON-скелете.

Глобальные параметры

--debug (булево)

Включить отладочную запись в журнал.

--endpoint-url (строка)

Переопределить URL по умолчанию команды указанным URL.

--no-verify-ssl (булево)

По умолчанию AWS CLI использует SSL при общении с сервисами AWS. Для каждого SSL-соединения AWS CLI проверит SSL-сертификаты. Этот параметр переопределяет поведение проверки SSL-сертификатов по умолчанию.

--no-paginate (булево)

Отключить автоматическую постраничность. Если автоматическая постраничность отключена, AWS CLI сделает только один вызов для первой страницы результатов.

--output (строка)

Стиль форматирования вывода команды.

json
текст
таблица
yaml
yaml-поток

--query (строка)

Запрос JMESPath для использования в фильтрации данных ответа.

--profile (строка)

Использовать определённый профиль из файла параметров.

--region (строка)

Регион для использования. Переопределяет настройки конфигурации/среды.

--version (строка)

Отобразить версию этого инструмента.

--color (строка)

Включить/выключить цветной вывод.

включено
выключено
автоматически

--no-sign-request (булево)

Не подписывать запросы. Кредиты не будут загружены, если этот аргумент предоставлен.

--ca-bundle (строка)

Набор сертификатов CA для использования при проверке SSL-сертификатов. Переопределяет настройки конфигурации/среды.

--cli-read-timeout (целое число)

Максимальное время чтения сокета в секундах. Если значение установлено в 0, чтение сокета будет блокирующим и без таймаута. Значение по умолчанию составляет 60 секунд.

--cli-connect-timeout (целое число)

Максимальное время подключения к сокету в секундах. Если значение установлено в 0, подключение к сокету будет блокирующим и без таймаута. Значение по умолчанию составляет 60 секунд.

--cli-binary-format (строка)

Стиль форматирования, который будет использоваться для двоичных блоков. По умолчанию используется формат base64. Формат base64 ожидает, что двоичные блоки будут предоставлены в виде закодированной строкой base64. Формат raw-in-base64-out сохраняет совместимость с поведением AWS CLI V1, и двоичные значения должны передаваться буквально. При предоставлении содержимого из файла, отображаемого в двоичный блок, fileb:// всегда будет обрабатываться как двоичный и использовать содержимое файла напрямую независимо от настройки cli-binary-format. При использовании file:// содержимое файла должно быть правильно отформатировано для настроенного cli-binary-format.

base64
raw-in-base64-out

--no-cli-pager (булево)

Отключить кли-пейджер для вывода.

--cli-auto-prompt (булево)

Автоматически запросить параметры ввода CLI.

--no-cli-auto-prompt (булево)

Отключить автоматический запрос параметров ввода CLI.

Примеры

Примечание

Для использования следующих примеров вам необходимо установить и настроить AWS CLI. См. руководство по началу работы в руководстве пользователя AWS CLI для получения дополнительной информации.

Если не указано иное, все примеры имеют правила цитирования Unix-подобных систем. Эти примеры необходимо адаптировать к правилам цитирования вашей терминальной оболочки. См. Использование кавычек со строками в руководстве пользователя AWS CLI.

Пример 1: Для обнаружения медицинских сущностей и связи с онтологией ICD-10-CM непосредственно из текста

Следующий infer-icd10-cm пример маркирует обнаруженные медицинские сущности и связывает эти сущности с кодами в издании Международной классификации болезней Клинической модификации (ICD-10-CM) 2019 года.

aws comprehendmedical infer-icd10-cm \
    --text "The patient complains of abdominal pain, has a long-standing history of diabetes treated with Micronase daily."

Вывод:

{
    "Entities": [
        {
            "Id": 0,
            "Text": "abdominal pain",
            "Category": "MEDICAL_CONDITION",
            "Type": "DX_NAME",
            "Score": 0.9475538730621338,
            "BeginOffset": 28,
            "EndOffset": 42,
            "Attributes": [],
            "Traits": [
                {
                    "Name": "SYMPTOM",
                    "Score": 0.6724207401275635
                }
            ],
            "ICD10CMConcepts": [
                {
                    "Description": "Unspecified abdominal pain",
                    "Code": "R10.9",
                    "Score": 0.6904221177101135
                },
                {
                    "Description": "Epigastric pain",
                    "Code": "R10.13",
                    "Score": 0.1364113688468933
                },
                {
                    "Description": "Generalized abdominal pain",
                    "Code": "R10.84",
                    "Score": 0.12508003413677216
                },
                {
                    "Description": "Left lower quadrant pain",
                    "Code": "R10.32",
                    "Score": 0.10063883662223816
                },
                {
                    "Description": "Lower abdominal pain, unspecified",
                    "Code": "R10.30",
                    "Score": 0.09933677315711975
                }
            ]
        },
        {
            "Id": 1,
            "Text": "diabetes",
            "Category": "MEDICAL_CONDITION",
            "Type": "DX_NAME",
            "Score": 0.9899052977561951,
            "BeginOffset": 75,
            "EndOffset": 83,
            "Attributes": [],
            "Traits": [
                {
                    "Name": "DIAGNOSIS",
                    "Score": 0.9258432388305664
                }
            ],
            "ICD10CMConcepts": [
                {
                    "Description": "Type 2 diabetes mellitus without complications",
                    "Code": "E11.9",
                    "Score": 0.7158446311950684
                },
                {
                    "Description": "Family history of diabetes mellitus",
                    "Code": "Z83.3",
                    "Score": 0.5704703330993652
                },
                {
                    "Description": "Family history of other endocrine, nutritional and metabolic diseases",
                    "Code": "Z83.49",
                    "Score": 0.19856023788452148
                },
                {
                    "Description": "Type 1 diabetes mellitus with ketoacidosis without coma",
                    "Code": "E10.10",
                    "Score": 0.13285516202449799
                },
                {
                    "Description": "Type 2 diabetes mellitus with hyperglycemia",
                    "Code": "E11.65",
                    "Score": 0.0993388369679451
                }
            ]
        }
    ],
    "ModelVersion": "0.1.0"
}

Для получения дополнительной информации, см. Infer ICD10-CM в руководстве разработчика Amazon Comprehend Medical.

Пример 2: Для обнаружения медицинских сущностей и связи с онтологией ICD-10-CM из пути к файлу

Следующий infer-icd-10-cm пример маркирует обнаруженные медицинские сущности и связывает эти сущности с кодами в издании Международной классификации болезней Клинической модификации (ICD-10-CM) 2019 года.

aws comprehendmedical infer-icd10-cm \
    --text file://icd10cm.txt

Содержимое icd10cm.txt:

{
    "The patient complains of abdominal pain, has a long-standing history of diabetes treated with Micronase daily."
}

Вывод:

{
    "Entities": [
        {
            "Id": 0,
            "Text": "abdominal pain",
            "Category": "MEDICAL_CONDITION",
            "Type": "DX_NAME",
            "Score": 0.9475538730621338,
            "BeginOffset": 28,
            "EndOffset": 42,
            "Attributes": [],
            "Traits": [
                {
                    "Name": "SYMPTOM",
                    "Score": 0.6724207401275635
                }
            ],
            "ICD10CMConcepts": [
                {
                    "Description": "Unspecified abdominal pain",
                    "Code": "R10.9",
                    "Score": 0.6904221177101135
                },
                {
                    "Description": "Epigastric pain",
                    "Code": "R10.13",
                    "Score": 0.1364113688468933
                },
                {
                    "Description": "Generalized abdominal pain",
                    "Code": "R10.84",
                    "Score": 0.12508003413677216
                },
                {
                    "Description": "Left lower quadrant pain",
                    "Code": "R10.32",
                    "Score": 0.10063883662223816
                },
                {
                    "Description": "Lower abdominal pain, unspecified",
                    "Code": "R10.30",
                    "Score": 0.09933677315711975
                }
            ]
        },
        {
            "Id": 1,
            "Text": "diabetes",
            "Category": "MEDICAL_CONDITION",
            "Type": "DX_NAME",
            "Score": 0.9899052977561951,
            "BeginOffset": 75,
            "EndOffset": 83,
            "Attributes": [],
            "Traits": [
                {
                    "Name": "DIAGNOSIS",
                    "Score": 0.9258432388305664
                }
            ],
            "ICD10CMConcepts": [
                {
                    "Description": "Type 2 diabetes mellitus without complications",
                    "Code": "E11.9",
                    "Score": 0.7158446311950684
                },
                {
                    "Description": "Family history of diabetes mellitus",
                    "Code": "Z83.3",
                    "Score": 0.5704703330993652
                },
                {
                    "Description": "Family history of other endocrine, nutritional and metabolic diseases",
                    "Code": "Z83.49",
                    "Score": 0.19856023788452148
                },
                {
                    "Description": "Type 1 diabetes mellitus with ketoacidosis without coma",
                    "Code": "E10.10",
                    "Score": 0.13285516202449799
                },
                {
                    "Description": "Type 2 diabetes mellitus with hyperglycemia",
                    "Code": "E11.65",
                    "Score": 0.0993388369679451
                }
            ]
        }
    ],
    "ModelVersion": "0.1.0"
}

Для получения дополнительной информации, см. Infer-ICD10-CM в руководстве разработчика Amazon Comprehend Medical.

Вывод

Сущности -> (список)

Медицинские состояния, обнаруженные в тексте, связанные с понятиями ICD-10-CM. Если действие успешно, служба возвращает HTTP-ответ 200, а также обнаруженные сущности.

(структура)

Коллекция медицинских сущностей, извлеченных из входного текста, и связанная с ними информация. Для каждой сущности ответ предоставляет текст сущности, категорию сущности, начальную и конечную позиции текста сущности в исходном тексте, и уровень уверенности Amazon Comprehend Medical в обнаружении и анализе. Также возвращаются атрибуты и характеристики сущности.

Id -> (целое число)

Числовой идентификатор сущности. Это монотонно возрастающий идентификатор, уникальный для данного ответа, а не глобальный уникальный идентификатор.

Текст -> (строка)

Отрезок входного текста, соответствующий обнаруженной сущности.

Категория -> (строка)

Категория сущности. InferICD10CM обнаруживает сущности в категории MEDICAL_CONDITION.

Тип -> (строка)

Описание конкретного типа сущности в категории сущностей. InferICD10CM обнаруживает сущности типа DX_NAME и TIME_EXPRESSION.

Счет -> (вещественное число)

Уровень уверенности Amazon Comprehend Medical в точности обнаружения.

BeginOffset -> (целое число)

Смещение символов в исходном тексте (отсчет с 0), указывающее начало сущности. Смещение возвращает код UTF-8 символа в строке.

EndOffset -> (целое число)

Смещение символов в исходном тексте (отсчет с 0), указывающее конец сущности. Смещение возвращает код UTF-8 символа в строке.

Атрибуты -> (список)

Обнаруженные атрибуты, относящиеся к сущности. Извлеченный фрагмент текста, являющийся атрибутом сущности или иным образом связанный с сущностью, например, характер медицинского состояния.

(структура)

Обнаруженные атрибуты, относящиеся к сущности. Это включает в себя извлеченный фрагмент текста, который является атрибутом сущности или каким-либо другим образом связан с ней. InferICD10CM обнаруживает следующие атрибуты: Direction , System, Organ or Site и Acuity.

Тип -> (строка)

Тип атрибута. InferICD10CM обнаруживает сущности типа DX_NAME.

Счет -> (вещественное число)

Уровень уверенности Amazon Comprehend Medical в том, что фрагмент текста правильно распознан как атрибут.

RelationshipScore -> (вещественное число)

Уровень уверенности Amazon Comprehend Medical в том, что данный атрибут правильно связан с этой сущностью.

Id -> (целое число)

Числовой идентификатор этого атрибута. Это монотонно возрастающий идентификатор, уникальный для данного ответа, а не глобальный уникальный идентификатор.

BeginOffset -> (целое число)

Смещение символов в исходном тексте (отсчет с 0), указывающее начало атрибута. Смещение возвращает код UTF-8 символа в строке.

EndOffset -> (целое число)

Смещение символов в исходном тексте (отсчет с 0), указывающее конец атрибута. Смещение возвращает код UTF-8 символа в строке.

Текст -> (строка)

Фрагмент входного текста, содержащий обнаруженный атрибут.

Характеристики -> (список)

Контекстная информация для атрибута. Характеристики, распознаваемые InferICD10CM, это DIAGNOSIS , SIGN , SYMPTOM и NEGATION.

(структура)

Контекстная информация для сущности. Характеристики, распознаваемые InferICD10CM, это DIAGNOSIS , SIGN , SYMPTOM и NEGATION.

Имя -> (строка)

Предоставляет имя или контекстуальное описание характеристики.

Счет -> (вещественное число)

Уровень уверенности Amazon Comprehend Medical в том, что фрагмент текста правильно распознан как характеристика.

Категория -> (строка)

Категория атрибута. Может быть либо DX_NAME, либо TIME_EXPRESSION.

ТипСвязи -> (строка)

Тип связи между сущностью и атрибутом. Тип связи может быть либо OVERLAP, либо SYSTEM_ORGAN_SITE.

Характеристики -> (список)

Предоставляет контекстную информацию для сущности. Характеристики, распознаваемые InferICD10CM, это DIAGNOSIS , SIGN , SYMPTOM и NEGATION.

(структура)

Контекстная информация для сущности. Характеристики, распознаваемые InferICD10CM, это DIAGNOSIS , SIGN , SYMPTOM и NEGATION.

Имя -> (строка)

Предоставляет имя или контекстуальное описание характеристики.

Счет -> (вещественное число)

Уровень уверенности Amazon Comprehend Medical в том, что фрагмент текста правильно распознан как характеристика.

ICD10CMConcepts -> (список)

Понятия ICD-10-CM, к которым сущность может относиться, вместе с оценкой вероятности соответствия.

(структура)

Понятия ICD-10-CM, к которым сущность может относиться, вместе с оценкой вероятности соответствия.

Описание -> (строка)

Полное описание кода ICD-10-CM в онтологии.

Код -> (строка)

Код ICD-10-CM, идентифицирующий понятие, найденное в базе знаний из Центра по контролю и профилактике заболеваний.

Счет -> (вещественное число)

Уровень уверенности Amazon Comprehend Medical в том, что сущность точно связана с понятием ICD-10-CM.

PaginationToken -> (строка)

Если результат предыдущего запроса к InferICD10CM был усечен, включите PaginationToken, чтобы получить следующую страницу медицинских сущностей.

ModelVersion -> (строка)

Версия модели, используемой для анализа документов, в формате n.*n*.*n*. Вы можете использовать эту информацию для отслеживания модели, используемой для конкретной партии документов.

END_OF_DOCUMENT_MARKER