infer-rx-norm

Описание

InferRxNorm определяет лекарства как сущности, перечисленные в медицинской карте пациента, и связывает их с нормализованными идентификаторами концепций в базе данных RxNorm Национальной медицинской библиотеки. Amazon Comprehend Medical обнаруживает медицинские сущности только в текстах на английском языке.

См. также: Документацию API AWS

Синтаксис

  infer-rx-norm
--text <value>
[--cli-input-json | --cli-input-yaml]
[--generate-cli-skeleton <value>]
[--debug]
[--endpoint-url <value>]
[--no-verify-ssl]
[--no-paginate]
[--output <value>]
[--query <value>]
[--profile <value>]
[--region <value>]
[--version <value>]
[--color <value>]
[--no-sign-request]
[--ca-bundle <value>]
[--cli-read-timeout <value>]
[--cli-connect-timeout <value>]
[--cli-binary-format <value>]
[--no-cli-pager]
[--cli-auto-prompt]
[--no-cli-auto-prompt]

Параметры

--text (строка)

Входной текст для анализа.

--cli-input-json | --cli-input-yaml (строка) Считывает аргументы из предоставленной строки JSON. Строка JSON соответствует формату, заданному в --generate-cli-skeleton. Если другие аргументы предоставлены в командной строке, эти значения перепишут значения, заданные в JSON. Передавать произвольные двоичные значения с помощью значения, предоставленного в JSON, невозможно, так как строка будет воспринята буквально. Это не может быть указано вместе с --cli-input-yaml.

--generate-cli-skeleton (строка) Выводит каркас JSON в стандартный вывод без отправки запроса к API. При отсутствии значения или значении input выводит пример входного JSON, который можно использовать в качестве аргумента для --cli-input-json. Аналогично, при указании yaml-input он выведет пример входного YAML, который можно использовать с --cli-input-yaml. При указании значения output, он проверит входные данные команды и вернет пример выходного JSON для этой команды. Сгенерированный каркас JSON не является стабильным между версиями AWS CLI, и нет гарантии обратной совместимости в сгенерированном каркасе JSON.

Общие параметры

--debug (логическое значение)

Включить отладовую регистрацию.

--endpoint-url (строка)

Переопределить URL по умолчанию команды указанным URL.

--no-verify-ssl (логическое значение)

По умолчанию AWS CLI использует SSL при общении с AWS-сервисами. Для каждого подключения SSL AWS CLI проверяет сертификаты SSL. Этот параметр переопределяет стандартное поведение проверки сертификатов SSL.

--no-paginate (логическое значение)

Отключить автоматическую постраничную навигацию. Если автоматическая постраничная навигация отключена, AWS CLI сделает только один вызов для первой страницы результатов.

--output (строка)

Стиль форматирования выходных данных команды.

json
текст
таблица
yaml
yaml-поток

--query (строка)

Запрос JMESPath для фильтрации данных ответа.

--profile (строка)

Использовать определенный профиль из файла учетных данных.

--region (строка)

Использовать определенный регион. Переопределяет настройки конфигурации/окружения.

--version (строка)

Отобразить версию этого инструмента.

--color (строка)

Включить/выключить цветной вывод.

включено
выключено
автоматически

--no-sign-request (логическое значение)

Не подписывать запросы. Учетные данные не будут загружены, если этот параметр указан.

--ca-bundle (строка)

Файл-сборник сертификатов CA для проверки SSL-сертификатов. Переопределяет настройки конфигурации/окружения.

--cli-read-timeout (целое число)

Максимальное время чтения сокета в секундах. Если значение установлено в 0, чтение сокета будет блокирующим и не будет иметь таймаут. Значение по умолчанию составляет 60 секунд.

--cli-connect-timeout (целое число)

Максимальное время подключения сокета в секундах. Если значение установлено в 0, подключение сокета будет блокирующим и не будет иметь таймаут. Значение по умолчанию составляет 60 секунд.

--cli-binary-format (строка)

Стиль форматирования, используемый для двоичных блоков. Формат по умолчанию — base64. Формат base64 ожидает, что двоичные блоки будут предоставлены как строка, закодированная в base64. Формат raw-in-base64-out сохраняет совместимость с поведением AWS CLI V1, и двоичные значения должны быть переданы буквально. При предоставлении содержимого из файла, соответствующего двоичному блоку, fileb:// всегда будет обрабатываться как двоичный и использовать содержимое файла непосредственно независимо от настройки cli-binary-format. При использовании file:// содержимое файла должно быть должным образом отформатировано для настроенного cli-binary-format.

base64
raw-in-base64-out

--no-cli-pager (логическое значение)

Отключить кли-пейджер для вывода.

--cli-auto-prompt (логическое значение)

Автоматически запрашивать входные параметры CLI.

--no-cli-auto-prompt (логическое значение)

Отключить автоматическое запросы входных параметров CLI.

Примеры

Примечание

Для использования следующих примеров необходимо установить и настроить AWS CLI. См. руководство по началу работы в руководстве пользователя AWS CLI для получения дополнительной информации.

Если не указано иное, все примеры используют правила цитирования Unix-подобных систем. Эти примеры необходимо адаптировать к правилам цитирования вашей терминальной оболочки. См. использование кавычек со строками в руководстве пользователя AWS CLI.

Пример 1: Обнаружение сущностей лекарств и непосредственная ссылка на RxNorm из текста

Следующий infer-rx-norm пример демонстрирует и маркирует обнаруженные сущности лекарств и связывает эти сущности с идентификаторами концепций (RxCUI) из базы данных RxNorm Национальной медицинской библиотеки.

aws comprehendmedical infer-rx-norm \
    --text "Patient reports taking Levothyroxine 125 micrograms p.o. once daily, but denies taking Synthroid."

Вывод:

{
    "Entities": [
        {
            "Id": 0,
            "Text": "Levothyroxine",
            "Category": "MEDICATION",
            "Type": "GENERIC_NAME",
            "Score": 0.9996285438537598,
            "BeginOffset": 23,
            "EndOffset": 36,
            "Attributes": [
                {
                    "Type": "DOSAGE",
                    "Score": 0.9892290830612183,
                    "RelationshipScore": 0.9997978806495667,
                    "Id": 1,
                    "BeginOffset": 37,
                    "EndOffset": 51,
                    "Text": "125 micrograms",
                    "Traits": []
                },
                {
                    "Type": "ROUTE_OR_MODE",
                    "Score": 0.9988924860954285,
                    "RelationshipScore": 0.998291552066803,
                    "Id": 2,
                    "BeginOffset": 52,
                    "EndOffset": 56,
                    "Text": "p.o.",
                    "Traits": []
                },
                {
                    "Type": "FREQUENCY",
                    "Score": 0.9953463673591614,
                    "RelationshipScore": 0.9999889135360718,
                    "Id": 3,
                    "BeginOffset": 57,
                    "EndOffset": 67,
                    "Text": "once daily",
                    "Traits": []
                }
            ],
            "Traits": [],
            "RxNormConcepts": [
                {
                    "Description": "Levothyroxine Sodium 0.125 MG Oral Tablet",
                    "Code": "966224",
                    "Score": 0.9912070631980896
                },
                {
                    "Description": "Levothyroxine Sodium 0.125 MG Oral Capsule",
                    "Code": "966405",
                    "Score": 0.8698278665542603
                },
                {
                    "Description": "Levothyroxine Sodium 0.125 MG Oral Tablet [Synthroid]",
                    "Code": "966191",
                    "Score": 0.7448257803916931
                },
                {
                    "Description": "levothyroxine",
                    "Code": "10582",
                    "Score": 0.7050482630729675
                },
                {
                    "Description": "Levothyroxine Sodium 0.125 MG Oral Tablet [Levoxyl]",
                    "Code": "966190",
                    "Score": 0.6921631693840027
                }
            ]
        },
        {
            "Id": 4,
            "Text": "Synthroid",
            "Category": "MEDICATION",
            "Type": "BRAND_NAME",
            "Score": 0.9946461319923401,
            "BeginOffset": 86,
            "EndOffset": 95,
            "Attributes": [],
            "Traits": [
                {
                    "Name": "NEGATION",
                    "Score": 0.5167351961135864
                }
            ],
            "RxNormConcepts": [
                {
                    "Description": "Synthroid",
                    "Code": "224920",
                    "Score": 0.9462039470672607
                },
                {
                    "Description": "Levothyroxine Sodium 0.088 MG Oral Tablet [Synthroid]",
                    "Code": "966282",
                    "Score": 0.8309829235076904
                },
                {
                    "Description": "Levothyroxine Sodium 0.125 MG Oral Tablet [Synthroid]",
                    "Code": "966191",
                    "Score": 0.4945160448551178
                },
                {
                    "Description": "Levothyroxine Sodium 0.05 MG Oral Tablet [Synthroid]",
                    "Code": "966247",
                    "Score": 0.3674522042274475
                },
                {
                    "Description": "Levothyroxine Sodium 0.025 MG Oral Tablet [Synthroid]",
                    "Code": "966158",
                    "Score": 0.2588822841644287
                }
            ]
        }
    ],
    "ModelVersion": "0.0.0"
}

Для получения дополнительной информации см. Infer RxNorm в руководстве разработчика Amazon Comprehend Medical.

Пример 2: Обнаружение сущностей лекарств и ссылка на RxNorm из пути к файлу.

aws comprehendmedical infer-rx-norm \
    --text file://rxnorm.txt

Содержимое rxnorm.txt:

{
    "Patient reports taking Levothyroxine 125 micrograms p.o. once daily, but denies taking Synthroid."
}

Вывод:

{
    "Entities": [
        {
            "Id": 0,
            "Text": "Levothyroxine",
            "Category": "MEDICATION",
            "Type": "GENERIC_NAME",
            "Score": 0.9996285438537598,
            "BeginOffset": 23,
            "EndOffset": 36,
            "Attributes": [
                {
                    "Type": "DOSAGE",
                    "Score": 0.9892290830612183,
                    "RelationshipScore": 0.9997978806495667,
                    "Id": 1,
                    "BeginOffset": 37,
                    "EndOffset": 51,
                    "Text": "125 micrograms",
                    "Traits": []
                },
                {
                    "Type": "ROUTE_OR_MODE",
                    "Score": 0.9988924860954285,
                    "RelationshipScore": 0.998291552066803,
                    "Id": 2,
                    "BeginOffset": 52,
                    "EndOffset": 56,
                    "Text": "p.o.",
                    "Traits": []
                },
                {
                    "Type": "FREQUENCY",
                    "Score": 0.9953463673591614,
                    "RelationshipScore": 0.9999889135360718,
                    "Id": 3,
                    "BeginOffset": 57,
                    "EndOffset": 67,
                    "Text": "once daily",
                    "Traits": []
                }
            ],
            "Traits": [],
            "RxNormConcepts": [
                {
                    "Description": "Levothyroxine Sodium 0.125 MG Oral Tablet",
                    "Code": "966224",
                    "Score": 0.9912070631980896
                },
                {
                    "Description": "Levothyroxine Sodium 0.125 MG Oral Capsule",
                    "Code": "966405",
                    "Score": 0.8698278665542603
                },
                {
                    "Description": "Levothyroxine Sodium 0.125 MG Oral Tablet [Synthroid]",
                    "Code": "966191",
                    "Score": 0.7448257803916931
                },
                {
                    "Description": "levothyroxine",
                    "Code": "10582",
                    "Score": 0.7050482630729675
                },
                {
                    "Description": "Levothyroxine Sodium 0.125 MG Oral Tablet [Levoxyl]",
                    "Code": "966190",
                    "Score": 0.6921631693840027
                }
            ]
        },
        {
            "Id": 4,
            "Text": "Synthroid",
            "Category": "MEDICATION",
            "Type": "BRAND_NAME",
            "Score": 0.9946461319923401,
            "BeginOffset": 86,
            "EndOffset": 95,
            "Attributes": [],
            "Traits": [
                {
                    "Name": "NEGATION",
                    "Score": 0.5167351961135864
                }
            ],
            "RxNormConcepts": [
                {
                    "Description": "Synthroid",
                    "Code": "224920",
                    "Score": 0.9462039470672607
                },
                {
                    "Description": "Levothyroxine Sodium 0.088 MG Oral Tablet [Synthroid]",
                    "Code": "966282",
                    "Score": 0.8309829235076904
                },
                {
                    "Description": "Levothyroxine Sodium 0.125 MG Oral Tablet [Synthroid]",
                    "Code": "966191",
                    "Score": 0.4945160448551178
                },
                {
                    "Description": "Levothyroxine Sodium 0.05 MG Oral Tablet [Synthroid]",
                    "Code": "966247",
                    "Score": 0.3674522042274475
                },
                {
                    "Description": "Levothyroxine Sodium 0.025 MG Oral Tablet [Synthroid]",
                    "Code": "966158",
                    "Score": 0.2588822841644287
                }
            ]
        }
    ],
    "ModelVersion": "0.0.0"
}

Для получения дополнительной информации см. Infer RxNorm в руководстве разработчика Amazon Comprehend Medical.

Вывод

Сущности -> (список)

Сущности лекарственных препаратов, обнаруженные в тексте, связанные с концепциями RxNorm. Если действие выполнено успешно, служба отправляет ответ HTTP 200, а также обнаруженные сущности.

(структура)

Коллекция медицинских сущностей, извлеченных из входного текста, и связанная с ними информация. Для каждой сущности ответ предоставляет текст сущности, категорию сущности, начальную и конечную позиции текста сущности, а также степень уверенности Amazon Comprehend Medical в обнаружении и анализе. Также возвращаются атрибуты и черты сущности.

Id -> (целое число)

Числовой идентификатор сущности. Это монотонно возрастающий идентификатор, уникальный в пределах этого ответа, а не глобальный уникальный идентификатор.

Текст -> (строка)

Отрезок входного текста, из которого была обнаружена сущность.

Категория -> (строка)

Категория сущности. Распознанные категории — GENERIC или BRAND_NAME.

Тип -> (строка)

Описание конкретного типа сущности. Для InferRxNorm распознанный тип сущности — MEDICATION.

Счёт -> (число с плавающей точкой)

Степень уверенности Amazon Comprehend Medical в точности обнаруженной сущности.

Начало -> (целое число)

Смещение символов в входном тексте (отсчёт с 0), показывающее начало сущности. Смещение возвращает код Юникода в строке.

Конец -> (целое число)

Смещение символов в входном тексте (отсчёт с 0), показывающее конец сущности. Смещение возвращает код Юникода в строке.

Атрибуты -> (список)

Извлеченные атрибуты, относящиеся к сущности. Атрибуты, распознанные InferRxNorm, — DOSAGE, DURATION, FORM, FREQUENCY, RATE, ROUTE_OR_MODE и STRENGTH.

(структура)

Извлеченные атрибуты, относящиеся к этой сущности. Атрибуты, распознанные InferRxNorm, — DOSAGE, DURATION, FORM, FREQUENCY, RATE, ROUTE_OR_MODE.

Тип -> (строка)

Тип атрибута. Типы атрибутов, распознанные InferRxNorm, — BRAND_NAME и GENERIC_NAME.

Счёт -> (число с плавающей точкой)

Степень уверенности Amazon Comprehend Medical в том, что отрезок текста правильно распознан как атрибут.

Счёт связи -> (число с плавающей точкой)

Степень уверенности Amazon Comprehend Medical в том, что атрибут правильно связан с сущностью.

Id -> (целое число)

Числовой идентификатор этого атрибута. Это монотонно возрастающий идентификатор, уникальный в пределах этого ответа, а не глобальный уникальный идентификатор.

Начало -> (целое число)

Смещение символов в входном тексте (отсчёт с 0), показывающее начало атрибута. Смещение возвращает код Юникода в строке.

Конец -> (целое число)

Смещение символов в входном тексте (отсчёт с 0), показывающее конец атрибута. Смещение возвращает код Юникода в строке.

Текст -> (строка)

Отрезок входного текста, который соответствует обнаруженному атрибуту.

Черты -> (список)

Контекстная информация для атрибута. InferRxNorm распознаёт черту NEGATION для атрибутов, т.е. что пациент не принимает конкретную дозу или форму лекарственного средства.

(структура)

Контекстная информация для сущности. InferRxNorm распознаёт черту NEGATION, которая указывает на то, что пациент не принимает лекарство.

Имя -> (строка)

Предоставляет имя или контекстуальное описание черты.

Счёт -> (число с плавающей точкой)

Степень уверенности Amazon Comprehend Medical в точности обнаруженной черты.

Черты -> (список)

Контекстная информация для сущности.

(структура)

Имя -> (строка)

Предоставляет имя или контекстуальное описание черты.

Счёт -> (число с плавающей точкой)

Степень уверенности Amazon Comprehend Medical в точности обнаруженной черты.

RxNormConcepts -> (список)

Концепции RxNorm, к которым может относиться сущность, вместе с оценкой, указывающей на вероятность соответствия.

(структура)

Концепция RxNorm, к которой может относиться сущность, вместе с оценкой, указывающей на вероятность соответствия.

Описание -> (строка)

Описание концепции RxNorm.

Код -> (строка)

Идентификатор концепции RxNorm, также известный как RxCUI.

Счёт -> (число с плавающей точкой)

Степень уверенности Amazon Comprehend Medical в том, что сущность точно связана с указанной концепцией RxNorm.

Маркер страницы -> (строка)

Если результат предыдущего запроса к InferRxNorm был усечён, включите PaginationToken, чтобы получить следующую страницу сущностей лекарственных препаратов.

Версия модели -> (строка)

Версия модели, используемой для анализа документов, в формате n.*n*.*n*. Вы можете использовать эту информацию для отслеживания модели, используемой для определённой партии документов.

END_OF_DOCUMENT_MARKER