infer-snomedct

Описание

InferSNOMEDCT определяет возможные медицинские понятия как сущности и связывает их с кодами из онтологии Систематизированной номенклатуры медицины, клинических терминов (SNOMED-CT)

См. также: Документацию API AWS

Синтаксис

  infer-snomedct
--text <value>
[--cli-input-json | --cli-input-yaml]
[--generate-cli-skeleton <value>]
[--debug]
[--endpoint-url <value>]
[--no-verify-ssl]
[--no-paginate]
[--output <value>]
[--query <value>]
[--profile <value>]
[--region <value>]
[--version <value>]
[--color <value>]
[--no-sign-request]
[--ca-bundle <value>]
[--cli-read-timeout <value>]
[--cli-connect-timeout <value>]
[--cli-binary-format <value>]
[--no-cli-pager]
[--cli-auto-prompt]
[--no-cli-auto-prompt]

Параметры

--text (строка)

--cli-input-json | --cli-input-yaml (строка) Считывает аргументы из предоставленной JSON-строки. JSON-строка следует формату, указанному в --generate-cli-skeleton. Если другие аргументы предоставляются в командной строке, эти значения переопределят значения, предоставленные JSON-строкой. Невозможно передать произвольные двоичные значения с помощью значения, предоставленного в JSON, так как строка будет воспринята буквально. Это может не быть указано вместе с --cli-input-yaml.

--generate-cli-skeleton (строка) Выводит JSON-скелет в стандартный вывод без отправки запроса к API. Если предоставлено значение без значения или значение input, выводит JSON-пример входных данных, который можно использовать в качестве аргумента для --cli-input-json. Аналогично, если предоставлено yaml-input, это выведет пример входных данных YAML, которые можно использовать с --cli-input-yaml. Если предоставлено значение output, оно проверяет входные данные команд и возвращает пример выходных данных в формате JSON для этой команды. Сгенерированный JSON-скелет не является стабильным между версиями AWS CLI, и нет гарантий обратной совместимости в сгенерированном JSON-скелете.

Глобальные параметры

--debug (булево)

Включить отладовую запись журнала.

--endpoint-url (строка)

Переопределить значение по умолчанию URL команды указанным URL.

--no-verify-ssl (булево)

По умолчанию AWS CLI использует SSL при общении с AWS-сервисами. Для каждого SSL-соединения AWS CLI будет проверять SSL-сертификаты. Этот параметр переопределяет поведение по умолчанию проверки SSL-сертификатов.

--no-paginate (булево)

Отключить автоматическую постраничность. Если автоматическая постраничность отключена, AWS CLI выполнит только один вызов для первой страницы результатов.

--output (строка)

Стиль форматирования для вывода команды.

• json
• текст
• таблица
• yaml
• yaml-поток

--query (строка)

Запрос JMESPath для фильтрации данных ответа.

--profile (строка)

Использовать определенный профиль из файла учетных данных.

--region (строка)

Регион для использования. Переопределяет настройки конфигурации/среды.

--version (строка)

Отобразить версию этого инструмента.

--color (строка)

Включение/выключение цветного вывода.

• включено
• выключено
• автоматически

--no-sign-request (булево)

Не подписывать запросы. Учетные данные не будут загружены, если этот аргумент предоставлен.

--ca-bundle (строка)

Файл сертификатов CA для проверки SSL-сертификатов. Переопределяет настройки конфигурации/среды.

--cli-read-timeout (целое число)

Максимальное время чтения сокета в секундах. Если значение установлено в 0, чтение сокета будет блокирующим и без таймаута. Значение по умолчанию составляет 60 секунд.

--cli-connect-timeout (целое число)

Максимальное время подключения сокета в секундах. Если значение установлено в 0, подключение сокета будет блокирующим и без таймаута. Значение по умолчанию составляет 60 секунд.

--cli-binary-format (строка)

Стиль форматирования, используемый для двоичных блоков. Формат по умолчанию — base64. Формат base64 ожидает, что двоичные блоки будут предоставлены как закодированная строка base64. Формат raw-in-base64-out сохраняет совместимость с поведением AWS CLI V1, и двоичные значения должны передаваться буквально. При предоставлении содержимого из файла, отображающего двоичный блок, fileb:// всегда будет обрабатываться как двоичный и использовать содержимое файла напрямую независимо от параметра cli-binary-format. При использовании file:// содержимое файла должно быть должным образом отформатировано для настроенного cli-binary-format.

• base64
• raw-in-base64-out

--no-cli-pager (булево)

Отключить вывод страницы cli.

--cli-auto-prompt (булево)

Автоматически запросить параметры входных данных CLI.

--no-cli-auto-prompt (булево)

Отключить автоматическое запроса параметров входных данных CLI.

Примеры

Пример: Для обнаружения сущностей и связи с онтологией SNOMED CT непосредственно из текста

Следующий infer-snomedct пример демонстрирует, как обнаруживать медицинские сущности и связывать их с понятиями из версии Systematized Nomenclature of Medicine, Clinical Terms (SNOMED CT) 2021-03.

aws comprehendmedical infer-snomedct \
    --text "The patient complains of abdominal pain, has a long-standing history of diabetes treated with Micronase daily."

Вывод:

{
    "Entities": [
        {
            "Id": 3,
            "BeginOffset": 26,
            "EndOffset": 40,
            "Score": 0.9598260521888733,
            "Text": "abdominal pain",
            "Category": "MEDICAL_CONDITION",
            "Type": "DX_NAME",
            "Traits": [
                {
                    "Name": "SYMPTOM",
                    "Score": 0.6819021701812744
                }
            ]
        },
        {
            "Id": 4,
            "BeginOffset": 73,
            "EndOffset": 81,
            "Score": 0.9905840158462524,
            "Text": "diabetes",
            "Category": "MEDICAL_CONDITION",
            "Type": "DX_NAME",
            "Traits": [
                {
                    "Name": "DIAGNOSIS",
                    "Score": 0.9255214333534241
                }
            ]
        },
        {
            "Id": 1,
            "BeginOffset": 95,
            "EndOffset": 104,
            "Score": 0.6371926665306091,
            "Text": "Micronase",
            "Category": "MEDICATION",
            "Type": "BRAND_NAME",
            "Traits": [],
            "Attributes": [
                {
                    "Type": "FREQUENCY",
                    "Score": 0.9761165380477905,
                    "RelationshipScore": 0.9984188079833984,
                    "RelationshipType": "FREQUENCY",
                    "Id": 2,
                    "BeginOffset": 105,
                    "EndOffset": 110,
                    "Text": "daily",
                    "Category": "MEDICATION",
                    "Traits": []
                }
            ]
        }
    ],
    "UnmappedAttributes": [],
    "ModelVersion": "1.0.0"
}

Для получения дополнительной информации, см. InferSNOMEDCT в Руководстве разработчика Amazon Comprehend Medical.

Вывод

Сущности -> (список)