создание хранилища аннотаций

Описание

Создает хранилище аннотаций.

См. также: Документация API AWS

Синтаксис

  create-annotation-store
[--reference <value>]
[--name <value>]
[--description <value>]
[--tags <value>]
[--version-name <value>]
[--sse-config <value>]
--store-format <value>
[--store-options <value>]
[--cli-input-json | --cli-input-yaml]
[--generate-cli-skeleton <value>]
[--debug]
[--endpoint-url <value>]
[--no-verify-ssl]
[--no-paginate]
[--output <value>]
[--query <value>]
[--profile <value>]
[--region <value>]
[--version <value>]
[--color <value>]
[--no-sign-request]
[--ca-bundle <value>]
[--cli-read-timeout <value>]
[--cli-connect-timeout <value>]
[--cli-binary-format <value>]
[--no-cli-pager]
[--cli-auto-prompt]
[--no-cli-auto-prompt]

Параметры

--reference (структура помеченного объединения)

Сокращенная форма:

referenceArn=string

Синтаксис JSON:

{
  "referenceArn": "string"
}

--name (строка)

--description (строка)

--tags (массив)

Сокращенная форма:

KeyName1=string,KeyName2=string

Синтаксис JSON:

{"string": "string"
  ...}

--version-name (строка)

--sse-config (структура)

Сокращенная форма:

type=string,keyArn=string

Синтаксис JSON:

{
  "type": "KMS",
  "keyArn": "string"
}

--store-format (строка)

--store-options (структура помеченного объединения)

Сокращенная форма:

tsvStoreOptions={annotationType=string,formatToHeader={KeyName1=string,KeyName2=string},schema=[{KeyName1=string,KeyName2=string},{KeyName1=string,KeyName2=string}]}

Синтаксис JSON:

{
  "tsvStoreOptions": {
    "annotationType": "GENERIC"|"CHR_POS"|"CHR_POS_REF_ALT"|"CHR_START_END_ONE_BASE"|"CHR_START_END_REF_ALT_ONE_BASE"|"CHR_START_END_ZERO_BASE"|"CHR_START_END_REF_ALT_ZERO_BASE",
    "formatToHeader": {"CHR"|"START"|"END"|"REF"|"ALT"|"POS": "string"
      ...},
    "schema": [
      {"string": "LONG"|"INT"|"STRING"|"FLOAT"|"DOUBLE"|"BOOLEAN"
        ...}
      ...
    ]
  }
}

--cli-input-json | --cli-input-yaml (строка) Считывает аргументы из предоставленной строки JSON. Строка JSON соответствует формату, предоставленному --generate-cli-skeleton. Если на командной строке указаны другие аргументы, эти значения переопределят значения, предоставленные в JSON. Невозможно передавать произвольные двоичные данные с помощью предоставленного значения JSON, так как строка будет воспринята буквально. Это может не быть указано вместе с --cli-input-yaml.

--generate-cli-skeleton (строка) Выводит JSON-скелет в стандартный вывод без отправки запроса к API. Если указано без значения или со значением input, выводит пример входного JSON, который можно использовать в качестве аргумента для --cli-input-json. Аналогично, если указано yaml-input, будет выведен пример входного YAML, который можно использовать с --cli-input-yaml. Если указано значение output, происходит валидация входных данных команды и возвращается пример выходного JSON для этой команды. Сгенерированный JSON-скелет не стабилен между версиями AWS CLI, и нет гарантий обратной совместимости в сгенерированном JSON-скелете.

Общие параметры

--debug (boolean)

Включить отладочную запись журнала.

--endpoint-url (string)

Переопределить URL по умолчанию команды заданным URL.

--no-verify-ssl (boolean)

По умолчанию AWS CLI использует SSL при общении с AWS-сервисами. Для каждого SSL-соединения AWS CLI будет проверять SSL-сертификаты. Этот параметр переопределяет поведение проверки SSL-сертификатов по умолчанию.

--no-paginate (boolean)

Отключить автоматическую постраничную навигацию. Если автоматическая постраничная навигация отключена, AWS CLI выполнит только один вызов для первой страницы результатов.

--output (string)

Стиль форматирования вывода команды.

• json
• text
• table
• yaml
• yaml-stream

--query (string)

Запрос JMESPath для фильтрации данных ответа.

--profile (string)

Использовать определенный профиль из файла учетных данных.

--region (string)

Регион для использования. Переопределяет настройки конфигурации/среды.

--version (string)

Отобразить версию этого инструмента.

--color (string)

Включить/выключить цветной вывод.

• on
• off
• auto

--no-sign-request (boolean)

Не подписывать запросы. Учетные данные не будут загружены, если этот аргумент указан.

--ca-bundle (string)

Файл сертификатов CA для проверки SSL-сертификатов. Переопределяет настройки конфигурации/среды.

--cli-read-timeout (int)

Максимальное время чтения сокета в секундах. Если значение установлено в 0, чтение сокета будет выполняться блокирующим образом без таймаута. Значение по умолчанию — 60 секунд.

--cli-connect-timeout (int)

Максимальное время подключения сокета в секундах. Если значение установлено в 0, подключение сокета будет выполняться блокирующим образом без таймаута. Значение по умолчанию — 60 секунд.

--cli-binary-format (string)

Стиль форматирования, используемый для бинарных блоков. Формат по умолчанию — base64. Формат base64 ожидает, что бинарные блоки будут предоставлены в виде закодированной в base64 строки. Формат raw-in-base64-out сохраняет совместимость с поведением AWS CLI V1, а бинарные значения должны передаваться буквально. При предоставлении содержимого из файла, сопоставленного с бинарным блоком fileb:// всегда будет обрабатываться как бинарный, и будет использоваться содержимое файла непосредственно независимо от настройки cli-binary-format. При использовании file:// содержимое файла должно быть должным образом отформатировано для настроенного cli-binary-format.

• base64
• raw-in-base64-out

--no-cli-pager (boolean)

Отключить пейджер CLI для вывода.

--cli-auto-prompt (boolean)

Автоматически запрашивать параметры ввода CLI.

--no-cli-auto-prompt (boolean)

Отключить автоматическое запросы параметров ввода CLI.

Примеры

Пример 1: Создание хранилища аннотаций формата VCF

Следующий create-annotation-store пример создает хранилище аннотаций в формате VCF.

aws omics create-annotation-store \
    --name my_ann_store \
    --store-format VCF \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Вывод:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "VCF"
}

Пример 2: Создание хранилища аннотаций в формате TSV

Следующий create-annotation-store пример создает хранилище аннотаций в формате TSV.

aws omics create-annotation-store \
    --name tsv_ann_store \
    --store-format TSV \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \
    --store-options file://tsv-store-options.json

tsv-store-options.json настраивает параметры формата для аннотаций.

{
    "tsvStoreOptions": {
        "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
        "formatToHeader": {
            "CHR": "chromosome",
            "START": "start",
            "END": "end"
        },
        "schema": [
            {
                "chromosome": "STRING"
            },
            {
                "start": "LONG"
            },
            {
                "end": "LONG"
            },
            {
                "name": "STRING"
            }
        ]
    }
}

Вывод:

{
    "creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z",
    "id": "861cxmpl96b0",
    "name": "tsv_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "TSV",
    "storeOptions": {
        "tsvStoreOptions": {
            "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
            "formatToHeader": {
                "CHR": "chromosome",
                "END": "end",
                "START": "start"
            },
            "schema": [
                {
                    "chromosome": "STRING"
                },
                {
                    "start": "LONG"
                },
                {
                    "end": "LONG"
                },
                {
                    "name": "STRING"
                }
            ]
        }
    }
}

Дополнительную информацию см. в разделе «Аналитика омикс» в Руководстве разработчика Amazon Omics.

Вывод

id -> (строка)

reference -> (структура помеченных объединений)

storeFormat -> (строка)

storeOptions -> (структура помеченных объединений)

status -> (строка)

name -> (строка)

versionName -> (строка)

creationTime -> (метка времени)