get-read-set

Описание

Получает файл из набора чтений.

См. также: Документация API AWS

Синтаксис

  get-read-set
--id <value>
--sequence-store-id <value>
[--file <value>]
--part-number <value>
<outfile>
[--debug]
[--endpoint-url <value>]
[--no-verify-ssl]
[--no-paginate]
[--output <value>]
[--query <value>]
[--profile <value>]
[--region <value>]
[--version <value>]
[--color <value>]
[--no-sign-request]
[--ca-bundle <value>]
[--cli-read-timeout <value>]
[--cli-connect-timeout <value>]
[--cli-binary-format <value>]
[--no-cli-pager]
[--cli-auto-prompt]
[--no-cli-auto-prompt]

Параметры

--id (строка)

--sequence-store-id (строка)

--file (строка)

--part-number (целое число)

outfile (строка) Имя файла, в который будет сохранёно содержимое

Глобальные параметры

--debug (логическое значение)

Включить отладочную запись в журнал.

--endpoint-url (строка)

Переопределить URL по умолчанию команды указанным URL.

--no-verify-ssl (логическое значение)

По умолчанию AWS CLI использует SSL при взаимодействии с AWS-сервисами. Для каждого подключения SSL AWS CLI будет проверять сертификаты SSL. Этот параметр переопределяет поведение проверки сертификатов SSL по умолчанию.

--no-paginate (логическое значение)

Отключить автоматическую постраничную навигацию. Если автоматическая постраничная навигация отключена, AWS CLI выполнит только один вызов для первой страницы результатов.

--output (строка)

Стиль форматирования для вывода команды.

• json
• text
• table
• yaml
• yaml-stream

--query (строка)

Запрос JMESPath для фильтрации данных ответа.

--profile (строка)

Использовать определённый профиль из файла с учетными данными.

--region (строка)

Регион для использования. Переопределяет настройки конфигурации/среды.

--version (строка)

Отобразить версию этого инструмента.

--color (строка)

Включить/выключить цветной вывод.

• on
• off
• auto

--no-sign-request (логическое значение)

Не подписывать запросы. Учетные данные не будут загружены, если этот аргумент предоставлен.

--ca-bundle (строка)

Файл сертификатов CA для использования при проверке SSL-сертификатов. Переопределяет настройки конфигурации/среды.

--cli-read-timeout (целое число)

Максимальное время чтения сокета в секундах. Если значение установлено в 0, чтение сокета будет выполняться в режиме блокировки без таймаута. Значение по умолчанию составляет 60 секунд.

--cli-connect-timeout (целое число)

Максимальное время подключения к сокету в секундах. Если значение установлено в 0, подключение к сокету будет выполняться в режиме блокировки без таймаута. Значение по умолчанию составляет 60 секунд.

--cli-binary-format (строка)

Стиль форматирования, который будет использоваться для двоичных блоков. Формат по умолчанию — base64. Формат base64 ожидает, что двоичные блоки будут предоставлены в виде закодированной строкой base64. Формат raw-in-base64-out сохраняет совместимость с поведением AWS CLI V1, и двоичные значения должны передаваться буквально. При предоставлении содержимого из файла, которое соответствует двоичному блоку fileb:// всегда будет обрабатываться как двоичное и использовать содержимое файла напрямую независимо от cli-binary-format. При использовании file:// содержимое файла должно быть должным образом отформатировано для настроенного cli-binary-format.

• base64
• raw-in-base64-out

--no-cli-pager (логическое значение)

Отключить вывод пэйджера cli.

--cli-auto-prompt (логическое значение)

Автоматически запросить параметры ввода cli.

--no-cli-auto-prompt (логическое значение)

Отключить автоматический запрос параметров ввода cli.

Примеры

Для загрузки набора чтений

Следующий get-read-set пример загружает 3-ю часть набора чтений как 1234567890.3.bam.

aws omics get-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 3  1234567890.3.bam

Дополнительную информацию см. в разделе Хранилище омики в Руководстве разработчика Amazon Omics.

Вывод

payload -> (потоковый блок)