Получение задания импорта набора считываний

Описание

Получает информацию о задании импорта набора считываний.

См. также: Документацию API AWS

Синтаксис

  get-read-set-import-job
--id <value>
--sequence-store-id <value>
[--cli-input-json | --cli-input-yaml]
[--generate-cli-skeleton <value>]
[--debug]
[--endpoint-url <value>]
[--no-verify-ssl]
[--no-paginate]
[--output <value>]
[--query <value>]
[--profile <value>]
[--region <value>]
[--version <value>]
[--color <value>]
[--no-sign-request]
[--ca-bundle <value>]
[--cli-read-timeout <value>]
[--cli-connect-timeout <value>]
[--cli-binary-format <value>]
[--no-cli-pager]
[--cli-auto-prompt]
[--no-cli-auto-prompt]

Параметры

--id (строка)

--sequence-store-id (строка)

--cli-input-json | --cli-input-yaml (строка) Считывает аргументы из предоставленной JSON-строки. JSON-строка следует формату, заданному в --generate-cli-skeleton. Если другие аргументы предоставлены в командной строке, эти значения переопределят значения, предоставленные JSON. Невозможно передавать произвольные двоичные значения с помощью значения, предоставленного JSON, поскольку строка будет интерпретирована буквально. Это не может быть указано вместе с --cli-input-yaml.

--generate-cli-skeleton (строка) Выводит JSON-скелет в стандартный вывод без отправки запроса к API. Если предоставлено значение без значения или значение input, выводит пример входного JSON, который может быть использован в качестве аргумента для --cli-input-json. Аналогично, если предоставлено yaml-input, он выведет пример входного YAML, который может быть использован с --cli-input-yaml. Если предоставлено значение output, он валидирует входные данные команды и возвращает JSON-пример выходных данных для этой команды. Сгенерированный JSON-скелет не является стабильным между версиями AWS CLI, и нет гарантии обратной совместимости в сгенерированном JSON-скелете.

Глобальные параметры

--debug (логическое)

Включить отладку.

--endpoint-url (строка)

Переопределить URL по умолчанию команды заданным URL.

--no-verify-ssl (логическое)

По умолчанию AWS CLI использует SSL при общении с AWS-сервисами. Для каждого SSL-соединения AWS CLI будет проверять сертификаты SSL. Этот параметр переопределяет стандартное поведение проверки сертификатов SSL.

--no-paginate (логическое)

Отключить автоматическую постраничную навигацию. Если автоматическая постраничная навигация отключена, AWS CLI сделает только один вызов для первой страницы результатов.

--output (строка)

Стиль форматирования вывода команды.

• json
• текст
• таблица
• yaml
• yaml-поток

--query (строка)

Запрос JMESPath для фильтрации данных ответа.

--profile (строка)

Использовать определенный профиль из файла учетных данных.

--region (строка)

Регион для использования. Переопределяет настройки конфигурации/среды.

--version (строка)

Отобразить версию этого инструмента.

--color (строка)

Включить/выключить цветной вывод.

• включить
• выключить
• авто

--no-sign-request (логическое)

Не подписывать запросы. Учетные данные не будут загружены, если этот аргумент предоставлен.

--ca-bundle (строка)

Файл сертификатов CA для использования при проверке SSL-сертификатов. Переопределяет настройки конфигурации/среды.

--cli-read-timeout (целое число)

Максимальное время чтения сокета в секундах. Если значение установлено в 0, чтение сокета будет блокирующим и без таймаута. Значение по умолчанию — 60 секунд.

--cli-connect-timeout (целое число)

Максимальное время подключения сокета в секундах. Если значение установлено в 0, подключение сокета будет блокирующим и без таймаута. Значение по умолчанию — 60 секунд.

--cli-binary-format (строка)

Стиль форматирования, используемый для двоичных блоков. По умолчанию — base64. Формат base64 ожидает, что двоичные блоки будут предоставлены как строка, закодированная в base64. Формат raw-in-base64-out сохраняет совместимость с поведением AWS CLI версии 1, и двоичные значения должны быть переданы буквально. При предоставлении содержимого из файла, отображающегося в двоичный блок, fileb:// всегда будет обрабатываться как двоичный и будет использовать содержимое файла напрямую независимо от настройки cli-binary-format. При использовании file:// содержимое файла должно быть должным образом отформатировано для настроенного cli-binary-format.

• base64
• raw-in-base64-out

--no-cli-pager (логическое)

Отключить пейджер CLI для вывода.

--cli-auto-prompt (логическое)

Автоматически запрашивать параметры ввода CLI.

--no-cli-auto-prompt (логическое)

Отключить автоматический запрос параметров ввода CLI.

Примеры

Просмотр задания импорта набора считываний

Следующий get-read-set-import-job пример получает подробности о задании импорта набора считываний.

aws omics get-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Вывод:

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "name": "HG00100",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "bam-sample",
            "sourceFileType": "BAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "bam-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "bam-sample",
                "aws:omics:subjectId": "bam-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sourceFileType": "FASTQ",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz",
                "source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz"
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "fastq-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "fastq-sample",
                "aws:omics:subjectId": "fastq-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00096",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "cram-sample",
            "sourceFileType": "CRAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "cram-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "cram-sample",
                "aws:omics:subjectId": "cram-subject"
            }
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Для получения дополнительной информации см. раздел Хранилище данных омикс в руководстве разработчика Amazon Omics.

Вывод

id -> (строка)

sequenceStoreId -> (строка)

roleArn -> (строка)

status -> (строка)

statusMessage -> (строка)

creationTime -> (метка времени)

completionTime -> (метка времени)

sources -> (список)