запуск-задачи-импорта-набора-чтений

Описание

Запускает задачу импорта набора чтений.

См. также: Документация API AWS

Синтаксис

  start-read-set-import-job
--sequence-store-id <value>
--role-arn <value>
[--client-token <value>]
--sources <value>
[--cli-input-json | --cli-input-yaml]
[--generate-cli-skeleton <value>]
[--debug]
[--endpoint-url <value>]
[--no-verify-ssl]
[--no-paginate]
[--output <value>]
[--query <value>]
[--profile <value>]
[--region <value>]
[--version <value>]
[--color <value>]
[--no-sign-request]
[--ca-bundle <value>]
[--cli-read-timeout <value>]
[--cli-connect-timeout <value>]
[--cli-binary-format <value>]
[--no-cli-pager]
[--cli-auto-prompt]
[--no-cli-auto-prompt]

Параметры

--sequence-store-id (строка)

--role-arn (строка)

--client-token (строка)

--sources (список)

Сокращенный синтаксис:

sourceFiles={source1=string,source2=string},sourceFileType=string,subjectId=string,sampleId=string,generatedFrom=string,referenceArn=string,name=string,description=string,tags={KeyName1=string,KeyName2=string} ...

Синтаксис JSON:

[
  {
    "sourceFiles": {
      "source1": "string",
      "source2": "string"
    },
    "sourceFileType": "FASTQ"|"BAM"|"CRAM"|"UBAM",
    "subjectId": "string",
    "sampleId": "string",
    "generatedFrom": "string",
    "referenceArn": "string",
    "name": "string",
    "description": "string",
    "tags": {"string": "string"
      ...}
  }
  ...
]

--cli-input-json | --cli-input-yaml (строка) Читает аргументы из предоставленной строки JSON. Строка JSON соответствует формату, предоставленному --generate-cli-skeleton. Если на командной строке указаны другие аргументы, эти значения перепишут значения, предоставленные JSON. Невозможно передавать произвольные двоичные значения с помощью значения, предоставленного JSON, так как строка будет интерпретироваться буквально. Это не может быть указано вместе с --cli-input-yaml.

--generate-cli-skeleton (строка) Выводит JSON-скелет в стандартный вывод, не отправляя запрос API. Если предоставлено без значения или со значением input, выводит пример JSON-ввода, который можно использовать в качестве аргумента для --cli-input-json. Аналогично, если предоставлено yaml-input, оно выведет пример YAML-ввода, который можно использовать с --cli-input-yaml. Если предоставлено значение output, оно проверит входные данные команды и вернет пример JSON-вывода для этой команды. Сгенерированный JSON-скелет не стабилен между версиями AWS CLI, и нет гарантии обратной совместимости в сгенерированном JSON-скелете.

Глобальные параметры

--debug (булево)

Включить отладку логирования.

--endpoint-url (строка)

Переопределить стандартный URL команды заданным URL.

--no-verify-ssl (булево)

По умолчанию AWS CLI использует SSL при общении с сервисами AWS. Для каждого соединения SSL AWS CLI будет проверять сертификаты SSL. Этот параметр переопределяет стандартное поведение проверки сертификатов SSL.

--no-paginate (булево)

Отключить автоматическую постраничную навигацию. Если автоматическая постраничная навигация отключена, AWS CLI выполнит только один вызов для первой страницы результатов.

--output (строка)

Стиль форматирования для вывода команды.

• json
• текст
• таблица
• yaml
• yaml-поток

--query (строка)

Запрос JMESPath для фильтрации данных ответа.

--profile (строка)

Использовать определенный профиль из файла учетных данных.

--region (строка)

Регион для использования. Переопределяет настройки конфигурации/окружения.

--version (строка)

Отобразить версию этого инструмента.

--color (строка)

Включить/выключить цветной вывод.

• включено
• выключено
• автоматически

--no-sign-request (булево)

Не подписывать запросы. Учетные данные не будут загружены, если этот аргумент предоставлен.

--ca-bundle (строка)

Пакет сертификатов CA для использования при проверке сертификатов SSL. Переопределяет настройки конфигурации/окружения.

--cli-read-timeout (целое число)

Максимальное время чтения сокета в секундах. Если значение установлено в 0, чтение сокета будет блокирующим и не будет иметь таймаута. Значение по умолчанию составляет 60 секунд.

--cli-connect-timeout (целое число)

Максимальное время подключения сокета в секундах. Если значение установлено в 0, подключение сокета будет блокирующим и не будет иметь таймаута. Значение по умолчанию составляет 60 секунд.

--cli-binary-format (строка)

Стиль форматирования, используемый для двоичных блоков. По умолчанию используется формат base64. Формат base64 ожидает, что двоичные блоки будут представлены в виде закодированной в base64 строки. Формат raw-in-base64-out сохраняет совместимость с поведением AWS CLI V1, а двоичные значения должны передаваться буквально. При предоставлении содержимого из файла, отображающего двоичный блок, fileb:// всегда будет обрабатываться как двоичный и будет использовать содержимое файла напрямую, независимо от настройки cli-binary-format. При использовании file:// содержимое файла должно быть правильно отформатировано для настроенного cli-binary-format.

• base64
• raw-in-base64-out

--no-cli-pager (булево)

Отключить пейджер CLI для вывода.

--cli-auto-prompt (булево)

Автоматически запрашивать параметры ввода CLI.

--no-cli-auto-prompt (булево)

Отключить автоматическую запрос параметров ввода CLI.

Примеры

Для импорта набора чтений

Следующий start-read-set-import-job пример импортирует набор чтений.

aws omics start-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources file://readset-sources.json

readset-sources.json - это JSON-документ со следующим содержимым.

[
    {
        "sourceFiles":
        {
            "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam"
        },
        "sourceFileType": "BAM",
        "subjectId": "bam-subject",
        "sampleId": "bam-sample",
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
        "name": "HG00100"
    }
]

Вывод:

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Для получения дополнительной информации см. раздел Хранение данных омикс в Руководстве разработчика Amazon Omics.

Вывод

id -> (строка)

sequenceStoreId -> (строка)

roleArn -> (строка)

status -> (строка)

creationTime -> (метка времени)