start-variant-import-job

Описание

Запускает задание импорта вариантов.

См. также: Документацию API AWS

Синтаксис

  start-variant-import-job
--destination-name <value>
--role-arn <value>
--items <value>
[--run-left-normalization | --no-run-left-normalization]
[--annotation-fields <value>]
[--cli-input-json | --cli-input-yaml]
[--generate-cli-skeleton <value>]
[--debug]
[--endpoint-url <value>]
[--no-verify-ssl]
[--no-paginate]
[--output <value>]
[--query <value>]
[--profile <value>]
[--region <value>]
[--version <value>]
[--color <value>]
[--no-sign-request]
[--ca-bundle <value>]
[--cli-read-timeout <value>]
[--cli-connect-timeout <value>]
[--cli-binary-format <value>]
[--no-cli-pager]
[--cli-auto-prompt]
[--no-cli-auto-prompt]

Параметры

--destination-name (строка)

--role-arn (строка)

--items (список)

Сокращенный синтаксис:

source=string ...

Синтаксис JSON:

[
  {
    "source": "string"
  }
  ...
]

--run-left-normalization | --no-run-left-normalization (логическое значение)

--annotation-fields (отображение)

Сокращенный синтаксис:

KeyName1=string,KeyName2=string

Синтаксис JSON:

{"string": "string"
  ...}

--cli-input-json | --cli-input-yaml (строка) Читает аргументы из предоставленной строки JSON. Строка JSON следует формату, предоставленному в --generate-cli-skeleton. Если на командной строке предоставлены другие аргументы, эти значения переопределят значения, предоставленные JSON. Невозможно передавать произвольные двоичные значения с помощью значения, предоставленного JSON, так как строка будет взята буквально. Это может не быть указано вместе с --cli-input-yaml.

--generate-cli-skeleton (строка) Выводит JSON-скелет в стандартный вывод без отправки запроса к API. При отсутствии значения или значении input выводит пример входного JSON, который можно использовать в качестве аргумента для --cli-input-json. Аналогично, если предоставлено значение yaml-input, он выведет пример входного YAML, который можно использовать с --cli-input-yaml. Если предоставлено значение output, он проверит входные данные команды и вернёт пример выходного JSON для этой команды. Сгенерированный JSON-скелет не является стабильным между версиями AWS CLI, и нет гарантий обратной совместимости в сгенерированном JSON-скелете.

Глобальные параметры

--debug (логическое значение)

Включить отладочную запись.

--endpoint-url (строка)

Переопределить URL по умолчанию команды заданным URL.

--no-verify-ssl (логическое значение)

По умолчанию AWS CLI использует SSL при общении с AWS-сервисами. Для каждого подключения SSL AWS CLI будет проверять сертификаты SSL. Этот параметр переопределяет поведение проверки сертификатов SSL по умолчанию.

--no-paginate (логическое значение)

Отключить автоматическую постраничную навигацию. Если автоматическая постраничная навигация отключена, AWS CLI выполнит только один вызов для первой страницы результатов.

--output (строка)

Стиль форматирования для вывода команды.

• json
• text
• table
• yaml
• yaml-stream

--query (строка)

Запрос JMESPath для фильтрации данных ответа.

--profile (строка)

Использовать определённый профиль из файла учетных данных.

--region (строка)

Используемый регион. Переопределяет настройки конфигурации/среды.

--version (строка)

Отобразить версию этого инструмента.

--color (строка)

Включить/выключить цветной вывод.

• on
• off
• auto

--no-sign-request (логическое значение)

Не подписывать запросы. Учетные данные не будут загружены, если этот аргумент предоставлен.

--ca-bundle (строка)

Файл сертификатов CA для проверки сертификатов SSL. Переопределяет настройки конфигурации/среды.

--cli-read-timeout (целое число)

Максимальное время чтения сокета в секундах. Если значение установлено в 0, чтение сокета будет блокирующим и не будет иметь таймаута. Значение по умолчанию составляет 60 секунд.

--cli-connect-timeout (целое число)

Максимальное время подключения сокета в секундах. Если значение установлено в 0, подключение сокета будет блокирующим и не будет иметь таймаута. Значение по умолчанию составляет 60 секунд.

--cli-binary-format (строка)

Стиль форматирования, используемый для двоичных блоков. Формат по умолчанию — base64. Формат base64 ожидает, что двоичные блоки будут предоставлены как строка, закодированная в base64. Формат raw-in-base64-out сохраняет совместимость с поведением AWS CLI V1, и двоичные значения должны передаваться буквально. При предоставлении содержимого из файла, которое отображается как двоичный блок, fileb:// всегда будет обрабатываться как двоичное и будет использовать содержимое файла напрямую независимо от настройки cli-binary-format. При использовании file:// содержимое файла должно быть должным образом отформатировано для настроенного cli-binary-format.

• base64
• raw-in-base64-out

--no-cli-pager (логическое значение)

Отключить пейджер CLI для вывода.

--cli-auto-prompt (логическое значение)

Автоматически запрашивать параметры ввода CLI.

--no-cli-auto-prompt (логическое значение)

Отключить автоматическое запросы параметров ввода CLI.

Примеры

Для импорта файла вариантов

Следующий start-variant-import-job пример импортирует файл вариантов в формате VCF.

aws omics start-variant-import-job \
    --destination-name my_var_store \
    --no-run-left-normalization  \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz

Вывод:

{
    "jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508"
}

Дополнительную информацию см. в разделе «Оmics Analytics» в руководстве разработчика Amazon Omics.

Вывод

jobId -> (строка)