Для резервного копирования mysqlbackup должен запускаться пользователем, который имеет право читать все файлы и каталоги сервера и выполнять операции в каталогах сервера. Для удовлетворения этого требования пользователю ОС, запускающему mysqlbackup, например, следует назначить группу владельцев файлов и каталогов сервера (обычно mysql) своей основной или дополнительной группой.

Для восстановления, если mysqlbackup запускается не от того же пользователя, что и сервер, может быть очень сложно гарантировать, что сервер имеет доступ ко всем восстановленным файлам и папкам сервера, особенно в случае онлайн-восстановления, когда сервер должен иметь доступ к файлам сразу после их восстановления. Для офлайн-восстановления, возможно, потребуется, например, установить umask для пользователя перед восстановлением и настроить разрешения восстановленных файлов и папок с помощью ряда команд chmod и chown, чтобы восстановить исходные разрешения для архивированных файлов и папок.