MySQL Workbench предоставляет возможности для проектирования физической базы данных. Визуальную модель данных можно преобразовать в физическую базу данных на целевом сервере MySQL, выполнив мастер-процедуру проектирования. Весь SQL-код автоматически генерируется для устранения типичных ошибок, связанных с ручным написанием сложного SQL-кода. MySQL Workbench также позволяет выполнить обратный дизайн существующей базы данных или пакета приложений, чтобы получить более глубокое понимание ее структуры. Кроме проектирования и обратного проектирования существующих баз данных, он также может импортировать SQL-скрипты для создания моделей и экспортировать модели в скрипты DDL для выполнения в более позднее время.