Если общая длина оператора DELETE для related_table превышает 1 МБ (значение по умолчанию переменной системы max_allowed_packet), необходимо разбить его на более мелкие части и выполнить несколько операторов DELETE. Скорее всего, вы получите самую быструю DELETE, указав от 100 до 1000 значений related_column в каждом операторе, если related_column индексирован. Если related_column не индексирован, скорость не зависит от количества аргументов в фразе IN.