Если при использовании ALTER TABLE для изменения набора символов или сортировки символьной колонки возникает ошибка дублирующего ключа, причиной является либо то, что новая сортировка колонки отображает два ключа в одно значение, либо таблица повреждена. В последнем случае вы должны запустить REPAIR TABLE для данной таблицы. REPAIR TABLE работает для таблиц MyISAM, ARCHIVE и CSV.

Если вы используете ALTER TABLE на транзакционной таблице или используете Windows, ALTER TABLE разблокирует таблицу, если вы использовали LOCK TABLE. Это делается, потому что InnoDB и эти операционные системы не могут удалить таблицу, которая используется.