В MySQL нет ограничений на количество баз данных. Файловая система может иметь ограничения на количество каталогов.

В MySQL нет ограничений на количество таблиц. Файловая система может иметь ограничения на количество файлов, представляющих таблицы. Отдельные движки хранения могут накладывать специфические ограничения. InnoDB допускает до 4 миллиардов таблиц.