Если общая длина оператора DELETE для related_table превышает значение по умолчанию переменной системы max_allowed_packet, необходимо разбить его на более мелкие части и выполнить несколько операторов DELETE. Скорее всего, вы получите наибольшую скорость DELETE, указав от 100 до 1000 related_column значений в каждом операторе, если related_column индексирована. Если related_column не индексирована, скорость не зависит от числа аргументов в клаузе IN.