MySQL поддерживает конструкции IF, CASE, ITERATE, LEAVE LOOP, WHILE и REPEAT для управления потоком в хранимых программах. Также он поддерживает RETURN в хранимых функциях.

Многие из этих конструкций содержат другие операторы, как указано в грамматических спецификациях в следующих разделах. Такие конструкции могут быть вложенными. Например, оператор IF может содержать цикл WHILE, который в свою очередь содержит оператор CASE.

MySQL не поддерживает FOR циклы.